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转基因食品中任何一种关键营养物质、微量营养物质及其抗营养因素的微小变化都会降低食物的营养价值，甚至导致食物的营养结构失衡。
人工提炼、添加转基因食品后，可能会积累少量毒素，很可能导致慢性中毒甚至畸形、致癌等后果。
转基因食品的过敏问题非常严重，因为转基因技术可能会使一种食物基因进入多种食物，而对一种食物过敏的人很容易对其他含有这种过敏食物的食物产生过敏症状。
转基因食品很可能导致胃肠道问题，因为参与转基因食品的基因会转移到他们的胃细菌DNA，所以我们的胃成为转基因食品基因的另一个寄生地，很容易引起人体胃肠道问题。
转基因食品可能会导致心血管疾病，尤其是我们熟悉的转基因大豆。转基因大豆富含饱和脂肪基因。大量饱和脂肪进入体内后，会迅速提高血液粘度，使人体容易患脂肪肝、高脂血症等心血管疾病。
转基因技术可能会根据身体进入身体，身体对这种突变基因的理解是未知的，很可能会给人体带来不可预测的疾病。因为细菌是通过转基因技术培育出来的，没有人知道这样的细菌是否会演变成不可消除的超级细菌。
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