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目前认为，功能性消化不良的产生是由多种因素综合作用的结果，主要包含：
（1）幽门螺杆菌：人的胃里的一种与疾病相关的细菌；
（2）精神心理障碍：功能性消化不良严重程度常常与患者焦虑、抑郁等状况相关；
（3）胃肠道感染病史：曾有胃肠道感染病史（比如细菌性痢疾、阿米巴痢疾等）的患者发生功能性消化不良病症的风险较正常群体明显升高；
（4）基因的差别：研究发现功能性消化不良患者和正常人群在一些基因结构、表达和功能方面有一定程度的差别。
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