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流脑是有脑膜炎双球菌引起的，属于细菌感染。而乙脑是由乙型脑炎病毒引起的，是病毒感染。
流脑主要在冬末、春初时节流行；乙脑流行在夏、秋时节。
流脑是干咳、喷嚏产生的飞沫依靠气体，根据人呼吸道传播；乙型脑炎是由于遭受含有乙型脑炎病毒蚊子叮咬才生病的。
流脑和乙脑都会发生发烫、头疼、呕吐等，但乙脑患者没有败血病期，不会有出血点和瘀斑，也很少出现休克者。
流脑的病变主要发生在脑脊髓膜，尤其是蛛网膜及软脑膜，一般脑实质的损害比较轻微。而乙脑的病变主要的脑部，以大脑、脑干的损害比较严重，医学上交坐脑实质的损害。
流脑是一种细菌感染，可以在医生的建议下使用抗生素操纵感染。乙脑因为是病毒感染，至今仍没有特殊的操纵感染的方法，医治乙脑多是对症治疗。
流脑和乙脑的重症病人都会发生颅内压增高的危险病症，可是乙脑的病情不像流脑那么快速。
流脑的病情较短一般为7-10天，而乙脑病程较长，2周左右才进入恢复期甚至在发病半年后仍遗留神经、精神方面的病症。
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