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其发病机制完全取决于细菌的外部结构与寄主下呼吸道细胞结构之间的相互作用。研究表明，军团菌可以直接侵入寄主肺细胞，并生活在其中，造成危害。病理变化主要发生在肺实质上，病变多样，从小枝到大叶或多叶发炎，呈红色或灰色肝样变和明显脓肿，实变区边缘水肿、血肿和灶性出血。严重者可发生肺坏死、脓肿。胸膜可见纤维性炎症或浆体渗出。
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