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细菌可分为内源性和外源性两类。前者有健康人的皮肤和粘膜，是内源性致病菌；后者有自然界，被人体接触感染。根据细胞的基本形态，细菌可分为酵母和霉菌。细菌对干燥、紫外线和一般化学消毒剂有很强的抵抗力，对温度敏感。加热60度30分钟即可消除，石炭酸也可消除。常见的致病菌有白念珠菌、隐球菌、曲霉菌、组织胞浆菌等。
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