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感染后的替代期一般为3-6天，偶尔为10-13天。感染后，人们主要表现为隐性感染或只表现为1-2天低烧、头痛、全身不适等轻度疾病，病毒可在血液夜间分离。
轻度黄热病极轻度黄热病感染可能只发生2-3天的发热，无需检测方法一般无法诊断。
轻度黄热病一般持续2-3天左右，其临床表现主要包括以下三个领域：
1.全身症状：急性发作，有明显的畏寒、发热39度左右，头痛、头晕、失眠、全身无力、肌肉和关节疼痛、食欲不振。
2.皮肤及粘膜充血：眼结膜充血、面部、颈部及上胸血肿潮红，皮肤黏膜可见出血点及瘀斑。
3.其他症状：轻度黄热病患者还可发生恶心、呕吐、鼻出血、轻度蛋白尿和轻度黄疸。
严重黄热病严重黄热病患者症状典型，发热高，脉搏明显缓慢，严重头痛、背痛、恶心、呕吐、明显黄胆和蛋白尿，甚至血尿和黑色排泄物。发烧可持续约5-7天。有些病人在3-4天后很快就会恢复过来。
恶性黄热病恶性黄热病具有非常典型的临床表现，其中暴发患者在发病3-4天内顺利死亡。恶性黄热病患者高烧可达41度左右。黄胆、尿闭症、大量出血、黑粪、黑粪、鼻出血、血尿、紫癜等。此外，恶性患者神经系统症状明显，包括呃逆、震颤、肌腱跳动和妄想。
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