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细针穿刺并发症发生率随穿刺针径增粗和穿刺部位深入而上升。Powers曾统计选用直径不超过22guage的穿刺针，并发症发生率仅为0.03%。除针径和部位外，其他影响并发症产生的因素包括病人的出凝血情况、一般情况、伴发病症、穿刺频次及其操作者的经验和能力。出血：部分脓肿和瘀斑可发生于体表穿刺后，深层穿刺可导致咳血、血尿等。感染：可为局部或全身感染。气胸：体表硬块中锁骨上区穿刺最常并发气胸，腋下和乳细胞学检查腺硬块穿刺也可引起，有症状者体现为穿刺后即发肩胸区疼痛。经胸深层穿刺几乎100%造成气胸，但所幸仅5%~10%需采取医治：对策。穿刺后组织学改变：穿刺后手术标本可见肉芽组织产生、出血、萎缩、梗死、纤维化及针道残留等组织形态学改变，但并不各影响组织病理学确诊。其他：副神经节瘤或嗜铬细胞瘤穿刺可能发生致死性高血压危象、血管迷走神经反映如昏厥等、空气栓塞、皮下气肿、胰腺穿刺造成的血淀粉酶升高和胰腺炎等。
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