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上皮内瘤变由具有一定程度的细胞和结构的不典型性的、具有明确上皮肿瘤性增生特点的病变构成，但没有肯定的侵袭性生长的证据，多分成二级，即低级别和高级别。消化道高级别上皮内瘤变则是细胞学和组织架构具备恶性倾向的上皮病损，但没有任何浸润间质的证据，包含重度异形增生及原位癌。病理形态体现为腺管密集且结构歪曲增加，细胞也有明显的不典型性；软管形态不规律,常可见支系和折叠，无间质浸润；形态多样的、深染且一般为假复层的细胞核常呈雪茄形。80%以上上皮内肿瘤可进展为浸润性癌。而病理诊断结直肠癌时，只有镜下发觉肿瘤侵害越过黏膜肌层进到黏膜下层，才能确诊为癌。
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